Eine Taxonomie beantwortet die Frage „Was für eine Art Ding ist das?“ Sie ordnet Konzepte in einer Baumstruktur an – über-, unter- und nebengeordnet. Das ist einfach, nützlich und auf Hierarchie beschränkt.
Eine Ontologie beantwortet mehr. Über die Hierarchie hinaus erfasst sie Beziehungen wie „hängt ab von“, „erzeugt“ oder „unterstützt“, und sie kann Regeln dafür durchsetzen. Diese zusätzliche Struktur ist es, die es Software erlaubt, neue Fakten abzuleiten und nachzuvollziehen, wie ein Konzept mit einem anderen verbunden ist.
Kurz gesagt: Jede Ontologie enthält eine Taxonomie, aber eine Taxonomie allein kann das Geflecht von Beziehungen, das eine Ontologie ausdrücken kann, nicht abbilden.